समिति के प्रशासनिक ढाँचे के अनुसार आयुक्त इसके कार्यकारी प्रमुख हैं, जो समिति की कार्यकारिणी समिति द्वारा निर्धारित नीतियों का कार्यान्वयन करते हैं। मुख्यालय स्तर पर संयुक्त आयुक्त, उपायुक्त एवं सहायक आयुक्त उनकी सहायता करते हैं। उपायुक्त एवं सहायक आयुक्त संभागीय स्तर पर उनकी सहायता करते हैं। समिति ने अपने अधिकार क्षेत्र के अंतर्गत आने वाले नवोदय विद्यालयों के प्रशासन एवं अनुवीक्षण के लिए आठ संभागीय कार्यालय स्थापित किए हैं।