जवाहर नवोदय विद्यालय, बघरा, मुजफ्फरनगर का उद्घाटन 20.07.1988 को बघरा में एक अस्थायी भवन में किया गया था। विद्यालय के प्रथम प्राचार्य श्री वी एस जोसेफ थे। स्कूल को 16.10.1989 को अपने वर्तमान स्थान पर स्थानांतरित कर दिया गया था। 1992 तक स्कूल में अन्य जेएनवी से मिनी माइग्रेशन था। बारहवीं कक्षा के लिए वाणिज्य धारा 1995-96 में शुरू हुई। उस दिन से स्कूल न केवल शिक्षाविदों में बल्कि खेल, सीसीए और पेस सेटिंग गतिविधियों में मील के पत्थर हासिल कर रहा है। यह पूरे जिले के लिए एक अग्रणी संगठन और मॉडल स्कूल के रूप में आगे आया है। स्कूल के छात्रों का चयन IIT, मेडिकल कोलाज (MBBS) और प्रशासनिक सेवाओं में किया गया है। वर्तमान में स्कूल में वरिष्ठ माध्यमिक स्तर पर कुल 26 शिक्षकों और 20 अन्य कर्मचारियों के साथ विज्ञान और वाणिज्य स्ट्रीम है।