भारतीय संस्कृति एवं जनसाधारण में पाई जाने वाली अनेकता में एकता का भलीभांति बोध कराने के लिए किसी एक भाषा-भाषी क्षेत्र के नवोदय विद्यालय के विद्यार्थियों का अन्य भाषा-भाषी क्षेत्र के नवोदय विद्यालय में प्रवसन करना नवोदय विद्यालय योजना की एक प्रमुख विशेषता है। इस योजना के अनुसार 9वीं कक्षा के 30 प्रतिशत विद्यार्थियों को एक नवोदय विद्यालय से दूसरे नवोदय विद्यालय में एक शैक्षणिक सत्र हेतु भेजा जाता है।

सामान्यतः यह प्रवसन हिंदी भाषी एवं हिंदीतर भाषी जिलों के बीच होता है। विद्यार्थी प्रवसन योजना की शुरुआत एक साधारण स्तर पर 1988-89 में केवल दो जवाहर नवोदय विद्यालयों के 31 विद्यार्थियों के प्रवसन द्वारा प्रारम्भ की गई थी । इन 28 वर्षों की अवधि में प्रवसन का कार्य काफ़ी विस्तृत रूप ले चुका है। जिसने भारत में स्कूल शिक्षा के क्षेत्र में हासिल की जा रही सफलताओं में विशेष स्थान प्राप्त किया है।