नवोदय विद्यालय योजना की अनूठी विशेषता भारत के संस्कृति और लोगों की विविधता और बहुलता की समझ को बढ़ावा देने के लिए एक विशेष भाषाई क्षेत्र में एक नवोदय विद्यालय से दूसरे भाषाई क्षेत्र में छात्रों का प्रवासन है। इस योजना के अनुसार, एक शैक्षणिक वर्ष के लिए कक्षा-नौवीं स्तर पर एक जेएनवी से 30% बच्चे दूसरे JNV में स्थानांतरित हो जाते हैं। प्रवासन आमतौर पर हिंदी भाषी और गैर-हिंदी भाषी जिलों के बीच होता है। केवल 2 JNV और 31 विस्थापित छात्रों के साथ 1988-89 में एक मामूली शुरुआत से, यह योजना पिछले 28 वर्षों में ताकत से ताकत बन गई है, जिससे यह भारत में स्कूली शिक्षा के क्षेत्र में सबसे बड़ी सफलता की कहानियों में से एक बन गई है।